本校前身為花蓮縣立宜昌國(guó)民中學(xué)水璉分部，因?qū)W區(qū)內(nèi)水璉村就讀學(xué)生減少，故於民國(guó)八十八年廢校，同年八月一日於此一校地正式設(shè)置水璉國(guó)中籌備處。本校始於民國(guó)八十六年開始規(guī)劃並籌備，目標(biāo)在協(xié)助因家庭變故而中途輟學(xué)或有中途輟學(xué)之虞的學(xué)生安定就學(xué)，使其能順利成長(zhǎng)為健全之公民。

水璉國(guó)中是一所全新的學(xué)校，所在地水璉村社區(qū)民風(fēng)淳樸，學(xué)校距離花蓮市區(qū)23公里，經(jīng)由臺(tái)11線(花東海岸)公路，約30分鐘車程可抵達(dá)學(xué)校。校地面積2.6公頃，背山面海，風(fēng)景秀麗、環(huán)境清幽，招收家庭發(fā)生變故或家庭功能失調(diào)而有中輟之虞或已經(jīng)中輟的國(guó)中學(xué)生，讓學(xué)生接受精緻、活潑、另類的適性教育，幫助學(xué)生確立積極的人生觀、習(xí)得基本知能才藝，造就學(xué)生成為能適應(yīng)社會(huì)之中堅(jiān)人才。