民國57年建校。民國58年成立小學，改制為「臺北市立南門國民中小學」。民國66年設立全國首創音樂實驗班。民國78年中小學分開設校，改制為「臺北市立南門國民中學」，至今中小學兩校仍共用同一校地及校歌，並聯合辦理中小學校慶。民國91年男女生混合編班。民國93年設立體育班。民國94年更新學生服裝及書包樣式。

校園位於臺北市中正區文化氣息濃厚之南海學園(臺北植物園)旁，面積有30,385平方公尺約9,200坪。自民國57年起歷經7任校長，民國99年由現任校長李珀玲女士接任。近年提倡多元智慧教育及落實教育生活化之理念，特別推展「培育有特色之南門好少年之證照認證活動」，並以此為教育願景，期望學生個個成為品學兼優，術德俱備的好少年。班級數、學生數：普通班45班、音樂班3班、體育班3班、特教班2班、身心障礙資源班1班、學習資源班1班，合計有55班，學生數約1785人。師資：教師120人。

著名校友：黃國倫-(詞曲創作者與唱片制作人)；蔡藍欽-(作詞家)；溫以仁-(指揮家)；蕭泰然-(鋼琴家、指揮家、作曲家)；劉學軒-(作曲家)；郭子乾-(演員)；李國修-(劇作家)；簡文彬-(指揮家)；林育群-(歌手)；侯昌明-(演藝人員)。