本校創(chuàng)立於民國三十五年五月二十二日，名為縣立白沙初級中學(xué)，校址設(shè)於白沙鄉(xiāng)赤崁村，孫鳴先生為首任校長。三十八年秋，改為澎湖縣立補習(xí)學(xué)校，課程仍如初級中學(xué)規(guī)劃，徐冬濟、鄭捷、郭日熙三先生先後接掌補校。

四十四年冬，王文國校長任內(nèi)改制為澎湖縣立初級中學(xué)。四十七年七月，杜家驤繼任。四十八年，盧明星先生接任，縣府以本校校地不易擴展，乃擇於馬公東衛(wèi)新建校舍，稱為第一部，赤崁原址僅留兩班稱第二部。五十年冬，奉準(zhǔn)第一部獨立為澎湖縣立馬公初級中學(xué)，盧校長續(xù)任，本校復(fù)原名為澎湖縣立白沙初級中學(xué)。六月一日，祁伯庸校長接掌本校，五十二年設(shè)立西嶼分校，五十七年二月西嶼分部獨立設(shè)校。五十五年八月到五十八年八月，吳錦明、胡福氣先生先後代理校長。五十八年八月，祁伯庸因案無罪復(fù)職。五十九年九月，蔡善郎接掌本校。六十五年三月，曾森達先生接掌本校僅半年之久。六十五年九月，證凱元接掌本校。六十九年九月，郭泮接掌本校。七十二年二月，謝乾坤接掌本校，謝校長再職十年七個月，為在任最久之校長。民國八十二年九月，陳耀明接掌本校。民國八十七年十月二十三日，許德便接掌本校，民國九十一年八月一日，孫仲篪接掌本校並於九十四年七月三十一日在本校退休。民國九十四年八月一日，顏文志接掌本校至今。

五十七年九月，開始實施九年國教，本校奉命改稱澎湖縣立白沙國民中學(xué)，同時，設(shè)立吉貝分部並籌建鎮(zhèn)海分部。民國六十三年及六十五年，鎮(zhèn)海分部、吉貝分部相繼獨立設(shè)校。民國七十九年設(shè)置鳥嶼分部，民國九十一年八月一日鳥嶼分部獨立設(shè)校。

本校歷經(jīng)滄桑，經(jīng)歷任校長慘澹經(jīng)營，革新校務(wù)，落實教學(xué)正常化，並加強軟硬體設(shè)備發(fā)展學(xué)校特色，提昇學(xué)生學(xué)習(xí)興趣及生活品質(zhì)，期防範(fàn)少年犯罪，培養(yǎng)學(xué)生正常人格，雖是一所小型學(xué)校又地分兩處，但同學(xué)們在純樸漁村成長，都有著一股堅強刻苦耐勞之優(yōu)良習(xí)性。

現(xiàn)任校長顏文志先生於九十四年八月到校，接掌校務(wù)之初，就期許學(xué)校同仁能夠營造快樂學(xué)習(xí)的環(huán)境，提昇學(xué)校學(xué)生的素質(zhì)，讓學(xué)校成為師生知識成長的殿堂。