澎湖縣立中正國民中學成立於民國57年(1968)，是實施九年國民教育後，馬公市成立的第二所國民中學，校址設於菜園里(後改劃入光華里)，以中山、石泉、東衛、興仁、山水、五德、時裡、風櫃、虎井、桶盤、花嶼、嶼坪、大倉十三所國民小學為學區。民國59年(1970)八月，因澎南地區國中就學人口不斷增加，在五德里設立澎南分部，民國63年(1974)澎南分部奉準獨立。民國67年(1978)，因二級離島虎井人口增加，成立虎井分部，維持至今。

本校創立之初，佔地廣達三點八公頃，為澎湖當時唯一有三樓校舍之國中，建有育英齋供離島學生住宿。

民國82年(1993)至85年(1996)間，因重新拆建，新校舍落成後規劃有美麗的中庭花園，原位於南側的校門遷至西側，目前校園已煥然一新。

今日的校本部屬於離島偏遠地區學校，學區為石泉、東衛、興仁、中山國小(包含石泉里、菜園里、前寮里、光華里、東衛里、安宅里、興仁里、烏崁里、案山里、望安鄉花嶼村)。虎井分部屬於離島特殊偏遠學校，學區僅虎井國小(虎井里)。