澎湖縣立馬公國中，最初是「澎湖縣立初級中學」。民國48年設(shè)校於東衛(wèi)里，52年遷入光武營區(qū)，54年二月才在現(xiàn)址設(shè)校，並在民國57年改制為「澎湖縣立馬公國民中學」，且於63年成立附設(shè)補校，87年文光國中成立之後，教職員工與學生數(shù)逐年減少至現(xiàn)在的規(guī)模。

回顧本校自創(chuàng)校四十年來，己為澎湖地區(qū)培育了無數(shù)人才，雖然如今規(guī)模較小，但互動競爭的結(jié)果，促使本校師生更加奮發(fā)振作。因此近年來，本校師生的對外比賽及升學成績，大都名列前茅，一枝獨秀。