本校前身為省立屏東中學溪洲分部，成立於民國四十四年七月。

民國四十五年三月，溪洲鄉奉省府令改為南州鄉，屏東中學溪洲分部亦更名為省立屏東中學南州分部。

民國五十七年八月，實施九年國民教育，省立屏東中學南州分部奉令改為屏東縣立南州國民中學。創校至今已有五十五年。

本校位於南州鄉，枕山面海、環帶溪群，是一所小型學校，學校各項設施在政府有計劃的補助，以及在歷任校長、教師及家長會長、委員通力合作下，本校各項教學設施逐年獲得改善。

現有十三班，學生數三百九十人，教職員工三十四人。

校園占地4.9898公頃，校舍設施均屬完善。