民國五十四年，花蓮縣政府為實(shí)現(xiàn)縣辦初中之目標(biāo)，派吳水雲(yún)先生籌設(shè)花蓮市第一縣立初中。次年三月經(jīng)臺灣省政府核準(zhǔn)成立，是為本校之前身。民國五十七年政府實(shí)施九年國民義務(wù)教育，本校奉命易名為「花蓮縣立美崙國民中學(xué)」至今。

本校校地都六甲有餘，皆為海砂地質(zhì)，初創(chuàng)時，不但怪石嶙峋，荊棘叢生，每逢冬季東北季風(fēng)襲來，更是飛砂走石，疾呼狂嘯。其間歷經(jīng)首任吳水雲(yún)校長、六十二年二月接任的劉國光校長、六十九年三月繼任的江耀坤校長、七十二年八月接掌的曾慶裕校長等，率全體師生胼手胝足，克難經(jīng)營有成。八十一年八月洪富盛校長接續(xù)第五任校長後，八十四年、八十五年爭取中央經(jīng)費(fèi)上億，做校舍改建之設(shè)計。八十五年八月第六任吳慶佳校長接掌後，重建工作，招標(biāo)發(fā)包施工，宏偉的校舍，家庭化的教室，於焉完成。八十八年八月前任校長李偉麟接掌第七任校務(wù)，一秉承先啟後，繼往開來的精神，隨同全體師生展開對環(huán)境之規(guī)劃，雖歷經(jīng)九二一大地震之洗禮，仍以人定勝天、天助自助的創(chuàng)意規(guī)擘，深獲社會賢達(dá)之贊助、社區(qū)資源之支持，得以對道路之開闢、庭園之綠化美化，做群策群力之整治，而得有今日之規(guī)模。

今吳校長接任以來，更因應(yīng)時代之變遷，與全體教職員之配合教改腳步，積極推動全人教育及多元智能教學(xué)。並以「行政制度化、決策民主化、教學(xué)適性化、學(xué)校社區(qū)化」為四大方針，與全體同仁共建「樂觀進(jìn)取，追求卓越」的學(xué)校願景，在「敦品勵學(xué)」的校訓(xùn)裡，協(xié)助每位學(xué)子培養(yǎng)帶得走的能力，期盼在祥和的校園氣氛中，都能快快樂樂的主動求學(xué)，自我肯定，成長茁壯。