本校位於澎湖縣望安鄉將軍澳嶼，屬於二級離島。將軍澳嶼與望安島隔水相望，最近距離僅300公尺，全島僅將軍村一個村落，面積雖比望安島小，人口卻較多，由於早年開採珊瑚，且漁業進步，島上一派繁榮富足，故有“澎湖小高雄”或“小香港”的雅號。村中有數座古廟，其中最著名的是天后宮，廟宇頗具規模，廟中立著一株珍貴的海樹，前埕海灣澄藍剔透，白色沙灘迤邐綿延，各式美麗的貝殼、珊瑚，尋拾不盡。

從將軍國小到船帆嶼一帶的海岸線多海崖，自然景觀相當精彩；山頂矗立著一塊巨大玄武巖，當地居民深信此為三將軍化身的靈石，對其禮敬有加。而北方大礁山下，有一石滬延伸至西側金瓜仔礁，退潮時可行走其上，踏浪直達金瓜仔礁拾貝。