香港青少年培育會創於一九四八年，當時稱「筲箕灣兒童營」。早年目的為貧苦無依流離失所及犯事兒童提供居所、扶養、教育及工藝訓練。本會位於中環舊址於一九五三年落成，並命名為「香港兒童安置所」，由港督葛亮洪爵士主持開幕禮。於一九九三年二月，本會中文名稱轉為「香港青少年培育會」，及於是年七月採用新會徽。當位於黃竹坑新會址落成後，本會院舍及特殊教育服務部於一九九四年二月下旬遷入新會址。

本校於1961年開始為兒童提供正式小學課程。在1970年正式註冊為情緒行為適應有困難兒童之特殊學校。於1993年開辦初中課程，翌年二月本會遷入現址。本校原有學額150名，自1999年4月起宿位由120名降至96名後，2008年9月再回復120名額，其餘名額為走讀生，收錄12至16歲之中學男生。2000年本校因應需求加設短暫適應課程。2004年開辦高中課程實驗計劃，首屆中五學生於2007年畢業；直至2009年止，本校共有三屆中五畢業同學，本年度的中五學生也應考了香港最後一屆中學會考。於2009年本校正式開辦新高中班級，開展正規新高中課程，提供原校升讀新高中課程學額。