１８８５年，清光緒１１年，英國基督長老教會選定府城臺南，創(chuàng)辦了臺灣第一所西式中學(xué)－「長老教中學(xué)」，即今日「長榮高級中學(xué)」的前身，迄今已有１１０多年的悠久歷史。
創(chuàng)校初期，校址位於府城二老口街，即今萬鍾社區(qū)的衛(wèi)民街口，１８９４年２月２２日，校舍遷到新樓內(nèi)的新教室上課。１８９５年，光緒２１年，臺灣割讓給日本，長榮中學(xué)在第一任校長余饒理先生的策劃下，在困境中繼續(xù)苦心經(jīng)營。
１９０１年，光緒２７年，費仁純先生被英國教會任命為第二任校長。採用漢文、日文、英文教學(xué)，使本校的教育方式更趨向多元化。
１９１４年，民國３年，萬榮華牧師出任第三任校長，為發(fā)展校務(wù)，再作遷校計劃，次年，位於東門城郊現(xiàn)今校址上之新校舍開始動工興建，歷經(jīng)一年多全部完工後，本校遂於１９１６年正式遷入現(xiàn)址。在萬校長任期內(nèi)，注重科學(xué)、英語、體育，將足球運動引進臺灣；同時重視基督教的人格教育。
第四任校長加藤長太郎先生任內(nèi)，除了成立各種社團、推廣棒球、桌球、書法等課程外，更促成臺灣總督府接受本校立案，從此校譽蒸蒸日上。
１９４５年，民國３４年臺灣光復(fù)後，第五任校長趙天慈先生和１９５１年（民國４０年）第六任校長戴明福先生，均致力維護宗教活動和提高升學(xué)率，先後克服經(jīng)濟困難、強化校友會功能、增建平房教室、廣收學(xué)生、推行體育運動、舉辦升學(xué)輔導(dǎo)等，奠定校務(wù)良好的根基。
１９７３年，民國６２年，蘇進安博士接任本校第七任校長，在董事會、校友會與家長會的支持下，竭盡全力，整頓校舍、美化校園。依照歐洲羅馬式拱形建築之特殊風(fēng)格，積極再興建現(xiàn)代的教學(xué)大樓。先後完成各科教學(xué)大樓、實習(xí)大樓、教職員公寓和幼教大樓。
２０００年，民國８９年８月，蔡忠雄先生接任本校第八任校長，本著既有教育基礎(chǔ)繼續(xù)發(fā)揚優(yōu)良的校風(fēng)，致力加強學(xué)校美化、軟硬體設(shè)施、外語與資訊教育。
本校自創(chuàng)校以來，始終稟持基督的博愛與服務(wù)精神，細心培育英才；其教育宗旨就是要傳授一般知識青年應(yīng)具備的常識和學(xué)問，預(yù)備將來進入更專門的大學(xué)院校接受深造。同時以基督教的人格教育來培養(yǎng)知識青年應(yīng)具有「犧牲與服務(wù)」的愛心和獻身的精神，共同促進社會的繁榮，為人類謀福利。
本校學(xué)制除日間部外，並於１９６９年附設(shè)補校，１９９９年改名為進修學(xué)校。日間部包含：普通科之國中部及高中部、綜合高中，高職部設(shè)有商業(yè)經(jīng)營科、國際貿(mào)易科、資料處理科、綜合高商科、電機科、電腦製圖科、美工科及資訊科。進修學(xué)校則設(shè)有商業(yè)經(jīng)營科、資料處理科、文書事務(wù)科、商用日文科、幼兒保育科、餐飲管理科、電工科、電腦製圖科、美工科、資訊科等，第二專長班有商用日文基礎(chǔ)班、電腦應(yīng)用班、中餐證照班、烘焙證照班。
國中部之教學(xué)目標著重於德、智、體、群、美、靈六育的均衡發(fā)展，以培養(yǎng)學(xué)生們創(chuàng)造、思考和解決問題的能力，期能藉此陶冶學(xué)生之身心、奠定良好的人生觀為教學(xué)目標。
在師資方面，聘請教學(xué)經(jīng)驗豐富、成熟穩(wěn)重、學(xué)養(yǎng)俱佳者擔任導(dǎo)師，教學(xué)成果煇煌，有口皆碑。
在設(shè)備方面，所有教室均裝設(shè)中央空調(diào)設(shè)施，通風(fēng)、採光、隔音效果佳。由於本校十分重視學(xué)生身心的均衡發(fā)展，除設(shè)有完善的語言、電腦、生物、理化特別教室與圖書館外，更經(jīng)常舉辦各種戶外教學(xué)，聘請專家學(xué)者到校演講，並舉辦國外遊學(xué)等活動。
本校高中部自創(chuàng)校，至今已有１１０多年悠久的歷史；現(xiàn)在分普通高中和綜合高中，採全面輔導(dǎo)升學(xué)。特聘優(yōu)良與負責(zé)師資授課，並擁有完善輔導(dǎo)計劃。普通科教學(xué)大樓的特別教室有：生物、化學(xué)、物理、地球科學(xué)、視聽等教室，與電腦中心、音樂館、圖書館、語言教室，教學(xué)設(shè)備齊全。多年來，學(xué)校不斷地全力改善學(xué)生們的學(xué)習(xí)環(huán)境，使高中部的成果達到一流的水準。
為鼓勵學(xué)生學(xué)業(yè)與身心均衡發(fā)展，本校除了舉辦生動多樣的社團活動外，更特設(shè)各種獎學(xué)金，如學(xué)業(yè)、技能、體育、美術(shù)等，希望透過獎勵的方式來啟發(fā)學(xué)生的潛能。
本校高職部分為日校和進修學(xué)校。日校於１９７３年，民國６２年開辦；進修學(xué)校則早在１９６９年，民國５８年就成立，教學(xué)目標著重在提高教育程度，傳授實用技藝，畢業(yè)之後可立即投入社會基層服務(wù)，並可依照學(xué)生就學(xué)的意願投考科技大學(xué)、四技、二專。在全體師生共同努力之下，歷年來本校學(xué)生升學(xué)屢創(chuàng)佳績，代表參加技能競賽，成績優(yōu)異，均獲得社會人士公認為南臺灣的最佳學(xué)校。
１９７３年，高職部開辦之初，本校首先增設(shè)「商業(yè)經(jīng)營科」，傳授有關(guān)商業(yè)經(jīng)營之基本知識和實用技能，以及外語。為使課堂所學(xué)能夠?qū)嶋H應(yīng)用在工作之中，本校更籌建學(xué)生實習(xí)商店、實習(xí)銀行，提供學(xué)生們最佳的實習(xí)機會。
「國際貿(mào)易科」之教學(xué)目標乃傳授有關(guān)國際貿(mào)易的基本知識和實用技能，使學(xué)生具有處理進出口貿(mào)易之報關(guān)、通訊、匯銳、儲運保險、活用資訊等能力，以便及早適應(yīng)未來即將投入的就業(yè)環(huán)境或升學(xué)。
本校「資料處理科」於２０００年（民國８９年）成立，讓學(xué)生學(xué)習(xí)商業(yè)經(jīng)營管理及資訊基礎(chǔ)專業(yè)智能，以達到資訊化、商業(yè)化相結(jié)合的目標。本科輔導(dǎo)學(xué)生在校時須考取會計事務(wù)及電腦軟體應(yīng)用、設(shè)計等丙級技術(shù)士證照，此外又積極輔導(dǎo)學(xué)生參加推薦甄選、聯(lián)合分發(fā)等管道進入科技大學(xué)、一般大學(xué)及二專的商業(yè)科系，和資訊管理系就讀。
本校１９７４年（民國６３年）成立電工科，民國７５年改為「電機科」。教學(xué)目標在培養(yǎng)電機專業(yè)學(xué)識與電機專業(yè)技能等科技人才，並強化「學(xué)以致用和手腦並用」的理念。本科設(shè)有電機機械實驗、微電腦控制、可程式控制、電子電路、工業(yè)電子等專業(yè)工廠，並設(shè)有丙級工業(yè)配線、室內(nèi)配線檢定場地。全面積極輔導(dǎo)升四技、二專和技能檢定取得丙級證照，升學(xué)率年年提高。為鼓勵學(xué)生學(xué)業(yè)、技能、身心三者均衡發(fā)展，每學(xué)年皆舉辦班際排球賽、蜈蚣競賽、教室綠化、美化，及校外參觀旅遊活動。
為適應(yīng)工業(yè)界之需要，本校於１９７５年，民國６４年設(shè)立「機械製圖科」，以培養(yǎng)機械設(shè)計所需之專業(yè)製圖人員。民國８９年改為「製圖科」。本科除著重在電腦輔助繪圖、電腦輔助製造及上機操作外，更重視理論基礎(chǔ)之學(xué)科教育，每學(xué)期均安排參觀校外工廠，以增進學(xué)生的見聞。近年更積極輔導(dǎo)學(xué)生升學(xué)技術(shù)學(xué)院、科技大學(xué)、師範大學(xué)、軍警院校及二專；並積極鼓勵同學(xué)參加乙、丙級電腦繪圖、機械製圖技術(shù)士技能檢定，成果輝煌。
本校「美工科」於１９７７年，民國６６年設(shè)立，訓(xùn)練美術(shù)設(shè)計基層專業(yè)人才，結(jié)合設(shè)計新潮流，視覺傳播藝術(shù)美感、電腦繪圖教學(xué)，遵照政府證照制度，輔導(dǎo)學(xué)生參加廣告設(shè)計技術(shù)士檢定，升進科技大學(xué)、技術(shù)學(xué)院就讀，是南臺灣成效最佳的美工人才的搖籃。
「資訊科」於１９８９年，民國７８年設(shè)立。教學(xué)目標在於培養(yǎng)電腦維修及程式設(shè)計等尖端科技人才。為符合資訊科技之趨勢，本科特設(shè)多媒體、微電腦控制專業(yè)教室、合格軟體檢定場地。教學(xué)設(shè)施採軟硬體兼顧，凡電腦軟體實習(xí)、系統(tǒng)設(shè)計、週邊設(shè)備實習(xí)、電子學(xué)等專業(yè)課程的實際操作，皆要求人人一機，以增進學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣，提高各項檢定和升學(xué)的成果。
本校的教育設(shè)施，除上述各科各部的教學(xué)大樓及實習(xí)設(shè)備之外，另有寬廣的運動場、球場、安全完善的學(xué)生宿舍、接送郊區(qū)同學(xué)上學(xué)和回家的校車服務(wù)、陶冶全校師生身心的音樂館、展示師生作品的藝術(shù)館，及可舉辦晨禱、演講、演唱、聚會等各類活動的長榮堂。本校為落實鄉(xiāng)土教育，又設(shè)有校史館、臺灣教會史料館、歷史文物館、貝類館和礦石館等供師生研究，並開放給一般民眾參觀。在配合教學(xué)與輔導(dǎo)工作推行的有校牧室、學(xué)生諮商中心、及實習(xí)就業(yè)輔導(dǎo)處等設(shè)置。
本校校牧室為培育全校師生的心靈信仰，每天早上有晨間禮拜，並開設(shè)人生哲學(xué)課；此外每學(xué)期又舉行期初和期末聖餐禮拜，又設(shè)有長榮教會，同仁團契、青年團契、合唱團，每逢暑假又舉辦教職員靈修會，以增加同仁對基督教信仰的認識與體會。本校學(xué)生合唱團時常到灣教會演唱，使各界人士對本校有更深入的認識。
在推動學(xué)生輔導(dǎo)過程中，諮商中心經(jīng)由專題演講、研習(xí)會、個別晤談、團體輔導(dǎo)及刊物的發(fā)行、指導(dǎo)閱讀等進行預(yù)防性工作，以協(xié)助學(xué)生獲得健全人格的發(fā)展。
實習(xí)就業(yè)輔導(dǎo)處則統(tǒng)籌全校學(xué)生的實習(xí)與就業(yè)輔導(dǎo)之業(yè)務(wù)工作。對於職業(yè)類科課程之設(shè)計和安排，實習(xí)工廠和專業(yè)教室規(guī)劃，尤注重安全和衛(wèi)生工作，安排學(xué)生輪流進入實習(xí)商店實習(xí)，參加校內(nèi)外等各項技藝競賽。並配合各科定期舉辦與學(xué)生有關(guān)課業(yè)的校外參觀活動。推動學(xué)生技術(shù)士證照之取得，輔導(dǎo)在校生參加校內(nèi)外技能檢定。就業(yè)輔導(dǎo)方面，辦理全校應(yīng)屆畢業(yè)生之升學(xué)與就業(yè)調(diào)查，並提供各公司、行號就業(yè)訊息，輔導(dǎo)學(xué)生就業(yè)。
自１９７５年以來，已經(jīng)與大韓民國光州東岡學(xué)園、美國北芝加哥路德高級中學(xué)、德國吉夫霍爾恩高級職業(yè)學(xué)校、日本關(guān)東學(xué)院中學(xué)校高等學(xué)校等名校，締結(jié)為姊妹學(xué)校。自１９６８年起，日本關(guān)東地區(qū)的扶輪社，為增進日本與臺灣兩地青年學(xué)生感情的交流，進而促進東亞地區(qū)的和平與繁榮，每年聖誕節(jié)都贊助當?shù)馗髦袑W(xué)的師生組團蒞校訪問。
１９９４年９月又在本校內(nèi)創(chuàng)設(shè)長榮幼稚園，同時成立「長榮學(xué)園」，實現(xiàn)一貫的全人教育理念。讓一個人從幼兒到成人，都能在學(xué)園內(nèi)接受學(xué)術(shù)和人格教育，離開學(xué)園以後，貢獻其智慧、技能和力量，服務(wù)社會，造福人群。因為當時法規(guī)限制無法設(shè)立長榮小學(xué)，讓學(xué)園夢想難以實現(xiàn)，加上臺灣人口生育率持續(xù)下降，衝擊整個教育環(huán)境的情形下，本校陸續(xù)於2008年停辦幼稚園、2010年停止進修學(xué)校的招生；也因著法規(guī)、出生率限制的因素讓長榮學(xué)園的夢想暫時無法實現(xiàn)。長榮中學(xué)積極培育全人教育的理念，卻未因著諸多外在因素改變有著些許的動搖，持續(xù)養(yǎng)成優(yōu)異人才，服務(wù)社會，造福人群。
