本校創立於民國四十一年九月，為苗栗縣立竹南初級中學，奉準試辦高中部，翌年十二月十二日奉準改為苗栗縣立竹南中學（改制省中前及今竹南國中均以是日為校慶日），成為一所完全中學，學校因此粗具規模，為中港溪流域最高學府，民國五十一年八月，縣立竹南中學高中部七班改隸省立苗栗高中，定名為「省立苗栗高中竹南分部」。分部期間，有「飛躍羚羊」美譽之田徑好手紀政，即在民國五十一年九月進入本校就讀。此外，姚麗麗、田阿妹、黃碧雲等田徑女將，以及亞東隊女籃國手莊瑞美等，亦先後畢業於本校，其後本校長期執苗栗縣田徑之牛耳，實肇基於此時也。民國五十七年秋，實施九年國教，本校奉準獨立設校，正名為「臺灣省立竹南高級中學」，校址設於竹南國中西鄰，即中正路九十八號之現址。民國八十九年二月一日，由於省立高中職改隸教育部，本校奉令改名為「國立竹南高級中學」。