1941年在上海成立，當時名稱為私立正德技術職業學校；1946年更名為南山職業學校，而學校正式成立的年份也是以此為基準。

1949年由大陸撤退至臺灣，暫停辦校。

1957年6月在臺灣復校，并奉準立案，校址座落于臺北縣中和鄉瓦磘村（今中和市瓦磘里與枋寮里一帶），設置電機科、土木科、紡織科，并定名為私立南山工業職業學校，招收初級部與高級部學生[1]。1958年附設工業補習學校。

1961年增設綜合商業科，更名為私立南山商工職業學校；1968年因實施九年國教而停辦初中部。

1971年更名為私立南山高級商工職業學校。

1976年增設美術工藝科；1987年增設資訊科；1988年增設廣告設計科，美術工藝科同時停辦。

1989年美術工藝科恢復招生，廣告設計科、綜合商業科、國際貿易事務科等3科停止辦理；另外增設幼兒保育科、美容科，南山幼兒園同時成立。

1991年增設普通科，三年后改制普通高中，校名再更改為私立南山高級中學，同時國中部恢復辦理。

997年增設資料處理科，美容科及補校停辦。

2000年開辦中和社區大學。

2001年成立國中部音樂藝能班，商業經營科停辦。

2002年國中部增設數理資優班。

2007年南山高中男子籃球隊贏得95學年度HBL總冠軍。

2008年南山高中男子籃球隊贏得96學年度HBL總冠軍，首度連續二年奪冠。

2009年南山高中男子籃球隊贏得97學年度HBL季軍。

2010年南山高中男子籃球隊贏得98學年度HBL季軍。

2010年上海創校64周年，在臺復校54周年校慶“南山六四榮耀一世”

2011年上海創校65周年，在臺復校55周年校慶“南山六五風華”