位于山南雅礱河東岸的貢布日山南麓，距乃東縣二公里許。藏語中，昌是鷹、鷂的意思，珠是龍的意思。相傳此地在建寺前有一惡龍，被松贊干布化身為大鵬降伏后才得以建寺，故得名。據說蓮花生和米拉日巴等藏傳佛教史上有名的人物都曾在昌珠寺周圍修行，仍存的修行地遺址是佛教信徒朝拜的圣地。相傳7世紀時由吐蕃贊普松贊干布主持建造。后又經帕莫主巴大司徒絕曲堅參改建擴建。據說文成公主曾在該寺駐足修行，留有遺物。帕竹政權時期，昌珠寺進行過大規模的維修和擴建。昌珠寺在其晚期歸屬格魯派。昌珠寺大殿下層布局和形式與拉薩大昭寺大殿相仿。寺內原保存有大量古代壁畫和松贊干布、文成公主、尼泊爾尺尊公主及大臣祿東贊等人塑像，造型古樸生動。達賴五世修茸時并加蓋金頂。達賴十三世亦曾維修。寺內還保存有8世紀末葉由漢僧任清（大寶）監督鑄造的吊鐘一口，鐘上鐫刻藏文銘文12句，分內外兩層，每層6句，自左向右排列。現鐘已無存，寺又重建，殿堂修飾一新。昌珠寺的珍珠唐卡為鎮寺之寶，所畫的是堅期木尼額松像（觀世音菩薩憩息圖）。此寺為西藏著名寺院，1961年被列為全國重點文物保護單位。